民國十年成立公共埤圳，嘉南大圳組合新化郡部負責規劃轄內圳路興築。
民國十九年烏山頭水庫完成推行灌溉。
民國三十二年改組為嘉南大圳水利組合新化區部。
民國三十五年改組為嘉南大圳農田水利協會新化區部。
民國三十七年改組為嘉南大圳水利委員會新化分會。
民國四十五年改組為嘉南農田水利會新化區管理處。
民國七十二年三月一日，本會組織系統調整，將管理處廢止並裁併工作站管理體制由三級制改為二級制，並將原新化、台南區管理處轄區合併，改為嘉南農田水利會新化業務督導之工作站，同時裁併成七個工作站。
民國七十六年四月一日恢復三級制，改為嘉南農田水利會南新區管理處。
民國八十四年七月十日改為嘉南農田水利會新化區管理處。
本區處設台南市新化區中正路五八二號。
南新區管理處東起中央山脈下與高雄市界，西至台灣海峽，南至二仁溪與高雄市界毗鄰，北從曾文溪南岸與本會麻豆、佳里為界。東西約六三公里，南北約三二公里。以台南市之楠西、玉井、南化、左鎮、山上、善化、安定、新市、新化、龍崎、關廟、歸仁、仁德、永康等區和台南市安南區之部份灌溉地，為本區處事業區域，灌溉面積一二、二五一公頃。
本區處設有一一Ｏ個水利小組，會員數：三六、四Ｏ六人。
1. 灌溉渠道
2. 排 水 路
因灌溉水源不同，分輪灌區與一般區，其灌溉制度及耕作方式，分為雙期作田、單期作田及輪灌田等，本地區因氣候溫和，適合各種作物生產，又靠近台南府城，農商業較早發達，但由於灌溉設施的缺乏，以及雨量的不均，所以耕地及作物產量極少。
民國十年成立公共埤圳、興建烏山頭水庫後，耕地漸增。民國十九年烏山頭水庫完成後，灌溉面積擴大，除一般區獨立水源保持原來耕作方式及灌溉制度外，烏山頭灌區『輪灌區』均為三年一作田，農作物產量大幅增加。由於烏山頭灌溉區域遼闊，水庫蓄水量有限，僅能供應輪作灌溉，土地無法充分發揮利用，農事操作受灌溉用水所控制。政府鑒此於民國五十六年為加強嘉南地區之農作物灌溉與土地充分運用，尋求水資源之有效利用，興建曾文水庫。
民國六十二年水庫完成後，曾文、烏山頭水庫，連串營運，水資源充沛，並將烏山頭灌區耕作方式及灌溉制度，由三年一作田，變更為三年二作田，增加水稻灌溉一作、雜作、甘蔗灌溉者若干次，農作物產量大幅增加。
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