民國九年九月一日成立「公共埤官佃溪埤圳組合」，開始興建烏山頭水庫。

民國十年四月改稱為「公共埤圳嘉南大圳組合」。

民國十六年六月完成濁幹線灌溉排水系統，民國十九年五月完成烏山頭 水庫及其灌溉排水系統，全部灌溉面積十五萬餘公頃實施三年一作輪灌制度。

民國三十二年十二月改組為嘉南大圳水利組合」。

民國三十三年六月，合併新豐、新化、新營、嘉義、斗六、虎尾等六個 水利組合（現稱一般灌溉區），灌溉面積增至十八萬餘公頃。

民國三十五年十一月改組為「嘉南大圳農田水利協會」。

民國三十六年九月斗六灌區由本會劃出，另成立斗六農田水利協會，灌溉面積減為十五公頃。

民國三十七年二月改組為「嘉南大圳水利委員會」。

民國四十五年十二月改組為「嘉南農田水利會」。

民國六十三年一月完成曾文水庫與烏山頭水庫串聯營運，改為三年二作 耕作方式與灌溉制度。

民國六十四年一月政府實施健全農田水利會方案，由政府代管，暫停會員代表選舉，會長並由省府派任，另將雲林縣境內濁幹線灌溉系統劃歸雲林農田 水利會，灌溉面積減為 94,764公頃，迄至八十四年一月一日因土地變更使用，灌溉 面積為減 78,182公頃。

民國七十一年六月一日，政府健全農田水利方案結束，恢復為農民自治團體型態之公法人，會長由會長由會員代表選舉產生，任期四年連選得連任一次。

民國八十三年六月一日依據修定「農田水利會組織通則」規定，會務委員及會長均由政府遴派，任期四年。

民國九十一年六月一日依據修定「農田水利會組織通則」規定，產生第一屆直選會長及會務委員。